ניר קלינגר חתם היום (ראשון) לשלוש עונות במ.ס. אשדוד. המאמן, שעזב את הפועל חיפה בטונים צורמים, סיים את פגישתו עם ג'קי בן זקן, והצדדים הגיעו לסיכום ששלח את שחקן העבר לעיר הנמל. קלינגר, שסייע להפועל חיפה להישאר בליגה בעונה החולפת, יחליף בתפקיד את יוסי מזרחי, שבעצמו עשוי לעשות את הדרך ההפוכה ולנחות בכרמל. כזכור, בוואלה! ספורט פורסם לראשונה על עזיבתו הצפויה של קלינגר את הפועל חיפה, אחרי שסבלנותו פקעה לאור התנהלות המועדון.
אחרי קריירת משחק מפוארת במכבי תל אביב ובמכבי חיפה, החל קלינגר, 47, לאמן בשנת 2000 את בית"ר באר שבע. בקיץ 2002 הגיע למכבי תל אביב כמאמן והוביל את הקבוצה לזכייה באליפות והשתתפות בשלב הבתים של ליגת האלופות. אחרי שפוטר במהלך עונת הגלאקטיקוס ב-2005/6, המאמן עזב לארבע שנים בקפריסין בהן אימן את פראלימני, א.א.ק לרנקה, א.א.ל לימסול וסלאמינה.
בקיץ 2010 שב ארצה וחתם בהפועל באר שבע אותה הוביל למקום התשיעי בעונת 2010/11. פתיחת עונה מאכזבת הביאה להתפטרותו מהמועדון העונה שאחריה. בינואר 2012 שב המאמן לקדנציה נוספת בפראלימני, אך התפטר לפני תום העונה ושב לארץ. לאחר שלא קיבל את משרת עוזר המאמן בנבחרת, קלינגר מונה למאמן הפועל חיפה ועזר לקבוצה לשרוד בליגה.