אייזיאה תומאס חוזר לניו יורק ניקס - הפעם לחדר הישיבות. נשיא המועדון והמאמן לשעבר יצטרף לדירקטוריון החדש של MSG Knickerbockers Corp, החברה שתנהל את הניקס ואת קבוצת הפיתוח ווסטצ'סטר ניקס.
המהלך מגיע כחלק מפיצול עסקי בין הניקס לניו יורק ריינג'רס. MSG Sports הודיעה כי שתי הקבוצות יופרדו לשתי חברות ציבוריות נפרדות, כאשר ג'יימס דולן יכהן כיו"ר וכמנכ"ל של שתיהן. תומאס, שנחשב במשך שנים לאחד ממקורביו של דולן, ישב בדירקטוריון של החברה שתפקח על הניקס.
עבור אוהדי ניו יורק, החזרה של תומאס עשויה לפתוח מחדש לא מעט זיכרונות מתקופה קשה במיוחד. הניקס מינו אותו ב-2003 לנשיא לענייני כדורסל, ובארבע העונות שלאחר מכן הם לא הצליחו לחזור לפלייאוף. בתקופתו בתפקיד הקבוצה לא ניצחה יותר מ-33 משחקים בעונה, ובעונת 2005/06 סיימה במאזן 23:59.
ב-2006 מונה תומאס גם למאמן הקבוצה, ובמשך שתי עונות החזיק במקביל בשני התפקידים. הניקס סיימו תחתיו במאזנים 33:49 ו-23:59, לפני שפוטר מתפקיד המאמן ב-2008.
התקופה שלו במועדון לוותה גם בפרשה מחוץ לפרקט. ב-2006 הוגשה נגדו תביעה בגין הטרדה מינית מצד בכירה ב-MSG, ובהמשך החברה הגיעה להסדר בסך 11.5 מיליון דולר. למרות זאת, הקשר בינו לבין דולן נשמר גם בשנים שלאחר מכן.
דולן אף החזיר את תומאס לתפקיד רשמי ב-2015, הפעם כמאמן ניו יורק ליברטי מה-WNBA. לאחר מכירת המועדון ב-2019 הוא סיים את תפקידו שם, ובהמשך הצטרף גם לדירקטוריון של The Sphere בלאס וגאס.
כעת, אחרי שהניקס זכו באליפות הראשונה שלהם מאז 1973, תומאס חוזר לתפקיד רשמי בארגון. בשלב זה עדיין לא ברור עד כמה תהיה לו השפעה על הצד המקצועי, אבל עצם חזרתו למערכת צפויה למשוך לא מעט תשומת לב בניו יורק.