במהלך גביע העולם הפעיל ה-FBI את המרכז הבינלאומי לשיתוף פעולה משטרתי, שבו עבדו יחד סוכנויות ביטחון אמריקאיות ונציגי משטרה מהמדינות המשתתפות. המרכז עקב בין היתר אחר איומי טרור, איומים נגד שחקנים, אוהדים אלימים ואירועים שעלולים היו לפגוע בביטחון הטורניר.
לפי תחקיר של קבוצת Prensa Ibérica הספרדית, שהתבסס על דוחות פנימיים של מרכז האבטחה הבינלאומי שהפעיל ה-FBI במהלך המונדיאל, ליאונל מסי היה השחקן שנגדו נרשם המספר הגדול ביותר של איומים במהלך המונדיאל.
אחד המקרים החמורים התרחש לקראת המשחק בין ארגנטינה לירדן בדאלאס. אדם התקשר לנמל התעופה בעיר וטען כי הוא ושני אנשים נוספים עושים את דרכם לאצטדיון כשהם מצוידים במטעני חבלה וברובים חצי-אוטומטיים. לפי דוח האבטחה, הוא איים לפגוע ב"שוטרים ובשחקני שתי הנבחרות", ואף הזכיר באופן מפורש את מסי.
אירוע נוסף נחקר לקראת המשחק בין ארגנטינה למצרים ב-7 ביולי באטלנטה. משתמש ב-X כתב כי הוא "מתכונן להיכנס לאצטדיון באטלנטה ולפוצץ את מסי עם ארבע פצצות המחוברות לגופו".
בעקבות האיומים נערכו באצטדיון סריקות של מומחי חבלה וכלבנים עם כלבי משטרה. במהלך המשחק התקבל גם דיווח מאדם שטען כי הטמין שלושה מטענים בשלושה פחי אשפה באצטדיון.
הדוחות מתארים גם שורה של אירועי הטרדה סביב כריסטיאנו רונאלדו. ב-14 ביוני דיווח איש פיפ"א על אדם חשוד ששאל שאלות מפורטות בנוגע למלון שבו שהה הכוכב הפורטוגלי. משטרת יוסטון איתרה ועצרה אותו יומיים לאחר מכן במלון הנבחרת. במקרה נוסף בטורונטו נעצר אדם שניסה להיכנס למעלית יחד עם רונאלדו וטען כי רק רצה להצטלם איתו.
עוד דווח על איומים נגד אלכסנדר סורלות ואשתו בעקבות החלטה מקצועית שלו במהלך משחק, נגד שחקן קולומביה ג'אמינטון קמפאס בעקבות החמצה, ונגד מגן נבחרת צרפת לוקה דין.
המקרה החמור ביותר מבחינת היקף האיומים, לפי הדוחות המצוטטים, היה של השופט הצרפתי פרנסואה לטקסייה. לאחר המשחק בין ארגנטינה למצרים, הוא קיבל לפי הדיווח כ-6,000 הודעות מאיימות לוואטסאפ האישי שלו, רבות מהן ממצרים.
בנוסף, פיפ"א עצמה דיווחה במהלך הטורניר כי יותר מ-1,000 איומים חמורים שנמצאו ברשתות החברתיות הועברו לרשויות אכיפת החוק, כך שהיקף האיומים המתואר בתחקיר משתלב בתמונה רחבה יותר של בעיות אבטחה והטרדות במהלך המונדיאל.