ז'ואאו קאנסלו אמנם חתום עדיין במנצ'סטר סיטי, אבל הקשר שלו עם המועדון עלה על שרטון בעקבות סכסוך בינו למאמן פפ גווארדיולה, שביקר בפומבי את התנהלותו של הפורטוגלי כשהאחרון לא זכה לדקות משחק. בריאיון שהעניק ל"א-בולה", קאנסלו סיפק את הזווית שלו וקטל את המנג'ר הקטלאני.
גווארדיולה, בזמנו, טען שקאנסלו לא פרגן לריקו לואיס ונתן אקה כשהם קיבלו את המקום ברוטציה. כשנשאל על כך, ענה המגן: "שקרים נאמרו. מעולם לא הייתי חבר רע לקבוצה עבורם, אתם יכולים לשאול את ריקו או אקה. אין לי תסביך נחיתות ואני גם לא מתנשא מעליהם, אבל זו דעתו של המאמן".
קאנסלו המשיך: "דבריו של גווארדיולה לא נכונים. אני חושב שמנצ'סטר סיטי הייתה כפוית טובה כלפיי, כי הייתי שחקן חשוב בשנים שלי שם ומעולם לא כשלתי במחויבות שלי למועדון, לאוהדים. תמיד נתתי הכל. אני זוכר מקרה שבו היינו קורבן לשוד אלים אצל בבית, יום לפני משחק חוץ שלנו נגד ארסנל. השארתי את אשתי והילדה שלי מפוחדות בבית בשביל לשחק, אלה דברים שלא שוכחים. אנשים יזכרו רק את מה שמיסטר גווארדיולה אמר, כי יש לו מעמד גבוה יותר משלי, ואני, לעומתו, מעדיף לשמור דברים לעצמי".
בינואר 2023 הושאל קאנסלו לבאיירן מינכן, כזכור, ובקיץ שעבר הצטרף בהשאלה לברצלונה שבמדיה סיפק העונה ארבעה שערים וארבעה בישולים ב-32 הופעות בכל המסגרות. על פי חוזהו, יוני הוא אמור לשוב אל מנצ'סטר סיטי, אבל בארסה תעשה הכל כדי להשאירו לעונה נוספת.