אלישע לוי חוזר חוזר לבני יהודה בחוזה עד תום העונה הבאה. שנתיים ושלושה ימים אחרי שפוטר במפתיע מהקבוצה שהייתה אז בליגת העל ואותה הוביל במשך 10 חודשים עד ההתקשרות הסתיימה עקב "חילוקי דעות", הודיעו הכתומים שהוא שב למועדון בתור מחליפו של אורי גוטמן, שסיים את דרכו ביום שישי מיד אחרי ההפסד למכבי יפו.
כמובן שהקדנציה הקודמת של אלישע לוי בבני יהודה הייתה תחת הנהלה אחרת, בימי הבעלים ברק אברמוב. ללוי ולבני יהודה תהיה זו משימה לא פשוטה לשוב לליגת העל, לאחר שהקבוצה ניצחה שני משחקים בלבד בשמונת המחזורים הראשונים והיא עם 9 נקודות בלבד - אבל רק חמש הפרש מהמקום השני.
כזכור, קבוצתו האחרונה של אלישע לוי הייתה הפועל חיפה, אותה עזב בסיום העונה האחרונה בהחלטה שעליה הצהיר כבר בחודש אפריל, אולם עמד על הקווים גם בשלושת המשחקים שנותרו לקבוצה בפלייאוף התחתון באותה עונה.
הפעם האחרונה של אלישע לוי בליגה הלאומית הייתה בעונת 2006/7, אז עלה עם בני סכנין לליגה הבכירה. היו לו גם שתי עליות ליגה עם הפועל בית שאן - אחת לליגת המשנה ואחת לליגה הבכירה - וכן הוא העפיל לליגה הבכירה כמאמן הפועל כפר סבא, בסך הכל שלוש פעמים עלה מליגת המשנה.