12 ביולי: הופעה היסטורית במוקדמות ליגת האלופות
אחרי הזכייה באליפות ובזמן שאירופה כולה מנסה להירגע מהזכייה של פורטוגל ביורו, הפועל באר שבע פתחה את עונת 2016/17 עם 2:3 דרמטי על שריף טירספול. פנדל של מהראן ראדי בדקה ה-89 העניק לקבוצה של ברק בכר את הניצחון, והתיקו המאופס בגומלין הספיק כדי לעבור שלב. במשחק במולדובה, באר שבע כבר הציגה את הרכש הפורטוגלי שלה.
3 באוגוסט: שיר צדק עושה צדק מול אולימפיאקוס
אף אחד לא באמת נתן להפועל באר שבע סיכוי מול אלופת יוון, דיירת קבע בשלב הבתים של ליגת האלופות. אלא שהקבוצה מבירת הנגב הצליחה לשמור מולה על שער נקי בשני המשחקים, ואחרי 169 דקות היה זה שיר צדק שהכריע את ההתמודדות עם שער יפה ששלח את באר שבע להגרלת שלב הפלייאוף של מוקדמות ליגת האלופות. בכר סיכם: "לא נתנו לנו סיכוי, אבל אנחנו האמנו".
23 באוגוסט: קאמבק מרשים מול סלטיק נגמר בדמעות
הפועל באר שבע הוגרלה לשחק מול אלופת סקוטלנד וניר ביטון. אחרי קיפאון הגנתי ותבוסה 5:2 במשחק הראשון בסלטיק פארק, ללא העוגן מיגל ויטור, באר שבע חזרה לטרנר וסיפקה תצוגה אדירה. בן שהר ואובידיו הובאן כבשו, אך שער שלישי שהיה מקנה כרטיס לשלב הבתים - לא הושג. מהראן ראדי, שהחמיץ פנדל מוקדם, מירר בבכי בסיום: "הייתי הגיבור הטראגי, לוקח אחריות". גם בכר דמע ואילו אופיר דוידזאדה נפרד ועבר לגנט: "עשינו פה היסטוריה".
15 בספטמבר: הפועל באר שבע כובשת את סן סירו
רגע השיא של הקמפיין האירופי הגיע במחזור הפתיחה של שלב הבתים בליגה האירופית. הפועל באר שבע היממה את אינטר המפוארת, ברק בכר עשה שחמט לפרנק דה בור. מיגל ויטור היה הראשון שחגג, מאור בוזגלו הכפיל בבעיטה חופשית מושלמת ולשחקני אינטר לא נותר אלא להתנצל: "איבדנו את הראש". שחקני באר שבע חגגו והבטיחו: "זה ערב היסטורי, אבל יהיו עוד רגעים כאלה". בזכות אינטר, הם לא טעו.
20 באוקטובר: הרגע בו הסיפור הסתבך
אל הניצחון במילאנו צירפה הפועל באר שבע 0:0 לא רע בבית מול סאות'המפטון, והכול התנקז לצמד המשחקים מול ספרטה פראג. אלא שדווקא במבצר של טרנר, הצ'כים כבשו בדקה ה-71 והפכו לראשונים (פרט למ.ס. אשדוד בגביע הטוטו) שמנצחים בבאר שבע. הסיפור הסתבך עבור בכר ושחקניו, במיוחד לאחר ההפסד הנוסף בצ'כיה.
24 בנובמבר: קאמבק אדיר מול אינטר מציל את הקמפיין
מה שאפיין את הפועל באר שבע במסע האירופי זו העקשנות. שחקניו של בכר לא היו מוכנים לוותר, גם לא בפיגור 2:0 במחצית מול האיטלקים. אינטר הספיקה להחליף מאמן והגיעה עם הרכב חזק במטרה להשאיר לעצמה סיכוי לעלות, אבל לוסיו (58) ואנתוני וואקמה (71) השוו, לפני שבן שהר השלים את המהפך האדיר בתוספת הזמן. באר שבע השאירה לעצמה סיכוי למחזור הסיום ושלחה את אינטר הביתה. "גאווה עצומה" התרגשה אלונה ברקת. אירופה בהלם, טייק שני.
8 בדצמבר: הערב הגדול של מאור בוזגלו
שוב, מעטים נתנו סיכוי להפועל באר שבע. אף אחד לא באמת חשב שיש סיכוי להמשיך את החלום האירופי ולהגיע לשלב 32 האחרונות. התוצאה הנדרשת: 1:1 בחוץ מול סאות'המפטון. התוצאה שהושגה: 1:1. מאור בוזגלו כתב את הפרק הזה, עם כדור חד אל הרשת בדקה ה-79, אחרי אסיסט של המחליף יובל שבתאי. הסיינטס הספיקו להשוות בתוספת הזמן, אך הודחו ובאר שבע הפכה לקבוצה הישראלית הרביעית שצולחת את שלב הבתים של המפעל. השחקנים רקדו עם ברקת על הדשא: "למישהו יש ספק שזו אחת הקבוצות הישראליות הגדולות אי פעם?".
23 בפברואר: נפרדים מאירופה בגאווה למרות הפסד בטורקיה
בשיקטאש הייתה היריבה אותה קיבלה הפועל באר שבע בשלב 32 האחרונות, ובהיעדרו של ויטור המשמעותי, המשימה כבר הייתה גדולה על האלופה הישראלית. אחרי הופעה טובה שהסתיימה בטעם מר בעקבות ספיגה בתוספת הזמן והפסד 3:1, באר שבע הגיעה לאיסטנבול ונפרדה מהמפעל עם הפסד כואב 2:1 בעקבות שער מיותר שספג דודו גורש לקראת הסיום. וואקמה לפחות שלח מסר לסקאוטים עם שער השוויון, בעוד בכר שלח מסר לליגה: אנחנו חוזרים.