1997/98
לאחר שנבחר ראשון בדראפט, חבר לדייויד רובינסון כדי ליצור את "מגדלי התאומים", ולהרכיב את הקו הקדמי המאיים בליגה. ממוצעים של 20.7 נקודות ו-9 ריבאונדים למשחק סידרו לו את תואר רוקי העונה, הספרס הודחו בסיבוב השני לאחר הפסד 4:1 ליוטה.
1998/99
בעונה המקוצרת בשל שביתת השחקנים, זכה דאנקן באליפות הראשונה מתוך חמש, ובתואר ה-MVP של סדרת הגמר לראשונה בקריירה. בגמר ניצחו הספרס 1:4 את ניו יורק.
1999/00
השיפור נמשך, הסטטיסטיקות רק הפכו מפלציות יותר ודאנקן נבחר ל-MVP של משחק האולסטאר בצוותא עם שאקיל אוניל, אך נפצע רגע לפני סיום העונה הסדירה. בלעדיו, הפסידו הספרס 3:1 לפיניקס כבר בסיבוב הראשון של הפלייאוף.
2000/01
סן אנטוניו סיימה עם המאזן הטוב בליגה, אך בחצי גמר המערב ספגה סוויפ מהדהד מהלייקרס. דאנקן ספג ביקורות רבות על כך שלא הופיע לסדרה וחטף נוקאאוט מהדהד משאקיל אוניל.
2001/02
הממוצעים הטובים ביותר בקריירה - 25.5 נקודות, 12.7 ריבאונדים, 3.7 אסיסטים ו-2.5 חסימות למשחק - סידרו לביג פאנדנמטל את תואר ה-MVP הראשון שלו. אך בפלייאוף הלייקרס שוב היו גדולים על סן אנטוניו, עם 1:4 בחצי גמר המערב.
2002/03
דייויד רובינסון בישר שבכוונותו לפרוש בסיום העונה והשרביט הועבר במלואו לדאנקן, שעמד בציפיות ובגדול. לאחר שסיפק סדרה מדהימה מול הלייקרס בחצי גמר המערב, הוליך את הספרס לאליפות עם 2:4 על ניו ג'רזי בגמר. בפלייאוף של אותה עונה העמיד ממוצעים מפלצתיים של 27.6 נקודות, 14.4 ריבאונדים, 5 אסיסטים ו-4.3 חסימות למשחק.
2003/04
דאנקן וחבריו שוב פתחו את הלייקרס בפלייאוף, שוב בחצי גמר המערב. כוכב הספרס קלע סל ענק 0.4 שניות לסיום המשחק החמישי, כשהסדרה ב-2:2, אך דרק פישר ענה עם אחד מסלי הניצחון הגדולים בהיסטוריה, ודאנקן חווה את אחד ההפסדים הקשים בתולדותיו, שגם הוביל להפסד 4:2 בסדרה.
2004/05
הספרס התאוששו כראוי, הגיעו לגמר מול דטרויט, וכשהסדרה עומדת על 3:3 סיפק דאנקן עוד ערב גדול, עם 25 נקודות ו-11 ריבאונדים שסידרו לו אליפות נוספת, ותואר ה-MVP של סדרת הגמר בפעם השלישית - דבר שרק מייקל ג'ורדן, שאקיל אוניל ומג'יק ג'ונסון עשו לפניו.
2005/06
במהלך העונה סבל דאנקן מפציעה ברגלו שגרמה לו להחמיץ את משחק האולסטאר, לראשונה בקריירת ה-NBA. כוכב הספרס התאושש ואפילו קלע 39 נקודות במשחק השביעי של חצי גמר המערב מול דאלאס, אך המאבריקס השכילו לנצח בתום סדרה דרמטית במיוחד.
2006/07
אחרי עוד עונה סדירה סולידית, סייע דאנקן לקבוצתו לזכות באליפות הרביעית בתולדותיה והמתוקה ביותר לדבריו, עם 0:4 מהדהד על קליבלנד ולברון ג'יימס בסדרת הגמר. עם זאת, מי שזכה ב-MVP של הסדרה היה דווקא טוני פארקר.
2007/08
סדרת סיבוב ראשון עילאית מול פיניקס לא הספיקה בגמר המערב, כשהלייקרס נקמו בספרס עם 4:1 אך הפסידו בסופו של דבר לבוסטון בסדרת הגמר של הליגה, ופעם נוספת, החלום לזכות בשתי אליפויות רצופות נשבר.
2008/09
בעיות ברכיים גרמו לירידה ביכולתו של דאנקן, ולראשונה מאז 2000, סן אנטוניו הפסידה כבר בסיבוב הראשון - 4:1 לדאלאס. סופה של תקופה? לא כל כך מהר.
2009/10
עוד עונה לא פשוטה עברה על דאנקן והספרס. הסטטיסטיקות של כוכב סן אנטוניו המשיכו להיות מצוינות - 17.9 נקודות ו-10 ריבאונדים למשחק, העונה האחרונה שלו בדאבל-דאבל, אך בחצי גמר המערב ספגו הספרס 4:0 מהדהד מפיניקס.
2010/11
במהלך העונה הפך דאנקן לשיאן סן אנטוניו בנקודות ובמשחקים. על אף שסיימה במאזן 21:61, האלופה לשעבר אכזבה בגדול והפסידה כבר בסיבוב הראשון של הפלייאוף- 4:2 למדורגת שמינית ממפיס.
2011/12
סן אנטוניו שוב סיימה עם המאזן הטוב ביותר במערב. במהלך העונה בחר גרג פופוביץ' שלא להלביש את דאנקן למשחק פילדלפיה, ובהסבר הרשמי לליגה כתב "זקן". במהלך הפלייאוף עקף דאנקן את קארים עבדול ג'באר כגדול החוסמים בפוסט-סיזמן, קבוצתו הפסידה בגמר המערב 4:2 לאקלהומה סיטי.
2012/13
העונה הכי קשה בקריירה, עם מפח הנפש הגדול ביותר. זה קרה במשחק 6 של גמר ה-NBA מול מיאמי. את המחצית הראשונה סיים עם 25 נקודות, אך במחצית השנייה קפא, ירד לספסל למהלך המכריע של המשחק, וראה את ריי אלן מכריע את המשחק, ולמעשה את הסדרה כולה. מיאמי ניצחה 3:4 וזכתה באליפות.
2013/14
בדצמבר 2013 הפך הביג פאנדמנטל לשחקן המבוגר ביותר בהיסטוריה שרושם משחק של 20-20, עם 23 נקודות ו-21 ריבאונדים על אטלנטה. הספרס הלכו את כל הדרך ונקמו במיאמי על ההפסד הנורא עם 1:4 ענק בגמר, ודאנקן הצטרף לג'ון סאלי כשחקן היחיד שזוכה באליפויות בשלושה עשורים שונים.
2014/15
לאחר שהאריך את חוזהו ורשם מספר נקודות ציון סטטיסטיות, חווה דאנקן הפסד כואב נוסף בפלייאוף, הפעם ממש על הבאזר, כשהספרס הפסידו 4:3 לקליפרס בסיבוב הראשון, והשמועות על פרישה החלו להתגבר.
2015/16
אבל הוא לא פרש, כי אם חתם לשנתיים נוספות. במהלך העונה עבר את רוברט פאריש והתמקם במקום השביעי בטבלת הריבאונדים של כל הזמנים. ממוצעיו הכי הנמוכים ביותר בקריירה - הכי מעט משחקים (61), הכי מעט דקות (25.2), הכי מעט נקודות (8.6), הכי מעט ריבאונדים (7.3) וחסימות (1.3) למשחק. סן אנטוניו הפסידה בחצי גמר המערב לאוקלהומה סיטי ולאחר מספר שבועות של שמועות בנוגע לעתידו, החליט בסופו של דבר דאנקן לתלות באופן סופי את הנעליים. אנחנו כבר מתגעגעים.