מותו של עמנואל שפר, מגדולי המאמנים בכדורגל הישראלי בכל הזמנים, עורר הדים רבים בכדורגל הישראלי. עם היוודע דבר פטירתו, מכרים וקולגות רבים מעולם הכדורגל הגיבו.
מאמן נבחרת ישראל אלי גוטמן אמר: "יש לי צמרמרות חזקה מאז שמעתי את החדשות הרעות. אומנם, לא יצא לי יותר מדי להכיר את עמנואל באופן אישי, אבל לפני תחילת הקמפיין הוא פגש אותי באחד המשחקים, שם לי יד על הראש ואמר לי: 'אני מאחל לך להגיע לאותו מקום שהגעתי. לך בדרכך ותצליח בה'. עצוב לשמוע שאיש יקר שכזה הלך לעולמו".
שרת התרבות והספורט לימור לבנת מסרה: "הספורט הישראלי מרכין הערב את ראשו בצער ומתאבל על מותו של אחד מגדולי וחשובי המאמנים ומאבני היסוד של הכדורגל הישראלי. עמנואל שפר ז"ל היה לאגדה עוד בחייו, לא רק בשל כישוריו והישגיו כמאמן, אלא גם נוכח אישיותו יוצאת הדופן. עבור דורות רבים של שחקנים ומאמנים, הוא היה מודל וסמל למקצוענות ללא פשרות. יהי זכרו ברוך".
יו"ר ההתאחדות לכדורגל אבי לוזון, מסר: "עמנואל היה ללא ספק גדול מאמני נבחרת ישראל. מדובר באבידה גדולה לעולם הכדורגל הישראלי. כולי תקווה כי רוחו של עמנואל תישאר עמנו לעד. תנחומיי למשפחה ונייחל שלא ידעו עוד צער".
ההתאחדות הודיעה כי על מנת לכבד את זכרו של שפר, תתקיים מחר (שבת), לפני כל משחקי המחזור ה-16 בליגת העל, דקת הנצחה (מחיאות כפיים). טקסט אחיד יוקרא על ידי הכרוז בכל אחד מהמגרשים.
שייע פייגנבוים אמר: "שפר היה בעצם האיש שהתווה את כל הדרך לרוב השחקנים הישראליים הגדולים של זמנו. הוא זה שבנה את השלד מנבחרת הנוער ועד למקסיקו 70'. כל ההישגים האפשריים הוא הגיע. הוא בעצם בנה דור שלם של שחקנים וגילה גם אותי. כל הדור שלי חייב לו הרבה מאוד. בעיקר בגלל הדרך שלו ומהמשמעת שהוא הצליח להחדיר בנו ומשם גם באה ההצלחה. אחרי ששומעים כאלה חדשות, הכל מתגמד וכל הזיכרונות חוזרים. ביום כזה, כולנו מצדיעים לשפר שהפך אותנו למשפחה".
צביקה רוזן הוסיף: "זו אבידה גדולה לכדורגל הישראלי, אבל הוא מצטרף לחבורה מאוד מכובדת של איציק שניאור, יענקל'ה גרונדמן, דוביד שוויצר זכרם לברכה. היום בצהריים ישבתי עם פיני גרשון, עוד לפני ששמענו את הבשורות הקשות והוא אמר 'זה היה יהושע רוזין של הכדורגל'. עמנואל הקדים את זמנו בעשרות שנים. ללא ספק המאמן הכי גדול שהיה כאן. מודדים אומנם מאמנים לפי הישגים, אבל זה לא רק ההישגים. מי שהכיר אותו מקרוב, ידע שבעצם מי שהמציא כדורגל חדש באמצע שנות ה-60', זה עמנואל שפר. הוא הקפיץ את הכדורגל הישראלי מדרגה של בית ספר יסודי לאוניברסיטה".
"הכרתי אותו מאוד מקרוב. הייתי ילד בן 16 בנוער של מכבי תל אביב, כשהוא לקח אותי לנבחרת הנוער עד גיל 20. לא היה דבר כזה באותם ימים שילד צעיר מהנוער של מכבי, יגיע לנבחרת הנוער האמיתי של ישראל, שחלקה כבר שיחק בנבחרת הלאומית. נסעתי איתם וזכינו בפעם הראשונה בגביע הנבחרות באסיה. הזכרונות האלה לא יעזבו אותי לעולם".
באתר הרשמי של מכבי חיפה נכתב: "מועדון כדורגל מכבי חיפה, הנשיא, יעקב שחר, המנכ"ל, איתמר צ'יזיק, ההנהלה והשחקנים כואבים את מותו של אגדת הכדורגל, המאמן והחבר, עמנואל שפר. שפר, שבראש ובראשונה היה נעים הליכות, הטביע את חותמו על הכדורגל הישראלי והיה אהוד על כולם. אנו משתתפים בצער המשפחה ובצערו של הבן, אבי שפר - ידיד אמת של מועדון הכדורגל מכבי חיפה ומאחלים למשפחה כי לא יידעו עוד צער".
ממכבי תל אביב נמסר: "מועדון הכדורגל, הבעלים מיץ' גולדהאר, ההנהלה והשחקנים משתתפים בצערו של אבי שפר ומשפחתו על מותו של עמנואל שפר, מי שהוליך את נבחרת ישראל להעפלה היסטורית לגמר אליפות העולם במקסיקו 1970 והפך מאז לקונצנזוס בעם ובקרב משפחת הכדורגל הישראלי. שפר פקד את מגרשי הכדורגל בכל הזדמנות וזכה להערכתם ואהבתם של כולם. מי ייתן ומשפחתו לא תדע עוד צער".
מכבי נתניה מסרה: "הנהלת מועדון הכדורגל מכבי נתניה, שחקנים, צוות מקצועי ואוהדים, מרכינים הערב ראש עם לכתו של מאמן הכדורגל האגדי עמנואל שפר ז"ל, מי שהיה חתום על הישג השיא של הכדורגל הישראלי, בהעפלה היסטורית לגמר גביע העולם מקסיקו 70', בה ייצגה אותנו נבחרת ישראל בכבוד רב והיה אייקון ישראלי בכלל ובתחום הספורט בפרט. בשעה קשה זו, אנו מבקשים לשלוח את תנחומינו למשפחה ולחזקה. יהי זכרו ברוך".