אלי פוקס נחשב לאחד השחקנים הגדולים ביותר בכול הזמנים של הכדורגל הישראלי. בשנת 1947 ביקרה בארץ ישראל קבוצת הפאר ההונגרית מ.ט.ק. שקיימה סדרת משחקים בארץ. ההונגרים הזמינו את פוקס ממכבי תל אביב כשחקן אורח בקבוצתם למשחק נגד נבחרת רמת גן. הכוכב ההונגרי, חלוץ הפאר של הנבחרת ננדור הידקוטי, הציע לפוקס לשוב איתם לבודפשט ולשחק בקבוצה, הצעה שאותה דחה פוקס באדיבות.
ג'רי בית הלוי כתב ב-1992 בספרו "חיי סביב הכדור" על פוקס והגדיר אותו כ"גדול הכדורגלנים שנולדו כאן". הוא הסביר כי "כל חטאו היה שנולד מוקדם מדי, בלי טלוויזיה שתתעד את משחקיו ורגעיו הגדולים. נוכחותו במגרש הייתה הפגנה של מנהיגות כרץ מרכזי ורץ שמאלי. הוא ראה כל פינה במגרש, השליטה שלו בכדור הייתה מושלמת. המסירה שלו לעיתים ל-40 מטרים הייתה מדויקת. גם הבעיטות החזקות מטווח רחוק הניבו שערים. עם אלי היה קשה לראות את מכבי תל אביב מפסידה. הוא היה שחקן 10".
פוקס היה אחרי קום המדינה סוג של הכדורגלן החצי מקצועני הראשון של מכבי תל אביב, אבל מצבי הרוח שלו וההתנהלות של ראשי המועדון מול הכוכב הכי גדול שלהם גרמו לקרע שרק הלך והעמיק. ראשי המועדון לא ידעו איך להתנהל מולו. האמירה לפיה אין שחקן גדול ממכבי תל אביב לא טופלה נכון על ידי הגורמים המובילים. הוא הושעה מההרכב בגמר גביע המדינה 1952 נגד מכבי פתח תקווה בשל אמירות כלליות ובקשות כלליות מההנהלה שלא פורשו נכון. במשחק הפסידה מכבי תל אביב 1:0. עוד קודם לכן הושעה מהמשחק נגד מאלמו השבדית, בשל אי התייצבות לאימון לרגל נישואיו עם ברכה. לכל הצדדים היה ברור שכך זה לא יכול להמשיך.
בסיום עונת 1953/54, רגע אחרי הזכייה באליפות, נרקם מהלך בראשו של הקפטן. ג'רי בית הלוי חזר מהפועל תל אביב למועדון נעוריו כמאמן במקום גאול מכליס. פוקס בן ה-30 כבר תכנן את המשך דרכו בכדורגל הישראלי - לא במכבי תל אביב ולא רק בה.
במרץ 1954 שיחקה נבחרת ישראל במוקדמות אליפות העולם בשווייץ נגד נבחרת יוגוסלביה. בית הלוי, אז גם מאמן הנבחרת, היה מאוכזב מההפסד באותו חודש ברמת גן לנבחרת יוון 2:0 והטיל פצצה כשהרחיק כמה שחקנים בולטים מהמשחק נגד יוגוסלביה, בהם גם פוקס. את סרט הקפטן העביר למוסי ליטבק ממכבי רחובות. "נגד יוגוסלביה אנו זקוקים לשחקני מלחמה - לא לכדורגלנים טכנאים", הסביר את השינוי. ההצהרה הזאת נמסרה במסיבת עיתונאים של המאמן וראשי הנבחרת. היא הכתה גלים בעיתונות ובציבור . הנבחרת הפסידה ליוגוסלביה, שהייתה אז אחת הנבחרות המובילות באירופה, 1:0 בלבד.
חובבי הכדורגל קיבל את ההסבר של המאמן, לפיו חוסר מאמץ של מספר כדורגלנים שהוצאו מהנבחרת הוא שגרם להפסד המביך נגד יוון, שבאה לישראל עם הרכב מילואים בשל שביתת השחקנים המקצוענים שם. בסוף דצמבר המריאה נבחרת ישראל למסע הקסום ביותר של התקופה, לסדרת משחקים בדרום אפריקה שנמשכה חודש ימים. בית הלוי כתב בספרו: "אולי טעיתי כאשר צרפתי את פוקס למסע הנבחרת ביבשת אפריקה, אבל לא רציתי להיות המאמן הראשון שינפה את אותו מהנבחרת. זה לא הגיע לו בשום מקרה".
בדרום אפריקה קיבל פוקס תחילה את ההחלטה לסיים את דרכו בנבחרת ישראל, בשורותיה הופיע 9 פעמים. הבכורה הייתה ב-1948 נגד נבחרת ארצות הברית בניו יורק, במשחקה הראשון כמדינת ישראל, משחק שהסתיים ב-1:3 לאמריקאים. בספרו "קפטן הכדורגל הישראלי" כתב פוקס: "ההופעה שלי במסע הממושך בדרום אפריקה הייתה קצרה ביותר. לאחר 45 דקות במשחק הבכורה נגד נבחרת דרום טרנסוואל ביוהנסבורג, נפצעתי בקרסולי וביקשתי להתחלף. מאותו יום לא חזרתי עוד להרכב. הפכתי ל'אוכל חינם', בפי שמכונים שחקני המילואים הפאסיביים בפי שחקני ההרכב הראשון האקטיביים". פוקס כבר לא שיחק עוד בנבחרת ישראל, ואת סרט הקפטן קיבל יצחק שניאור.
בדרום אפריקה קיבל פוקס החלטה ענקית גדולה נוספת - פרישה ממכבי תל אביב אחרי 15 שנות משחק. "במשחקי הנבחרת בדרום אפריקה הרגשתי כי החבל שקישר ביני לבין המאמן בית הלוי וחלק מחברי לקבוצה עומד להיקרע", כתב, "החלטתי כי עלי לסיים את הקריירה בעודי בשיאי, כקפטן הנבחרת הישראלית, כדי שלא הקהל יקבע את תאריך הסתלקותי ממגרשי הכדורגל. במשך חודשים ניתקתי עצמי כליל מאימונים ומשחקים במכבי תל אביב. ישבתי רק על יציעי המגרשים וחיפשתי את עתידי".
באחד המשחקים של מכבי תל אביב נגד לאציו ברמת גן (0:2 לאיטלקים) ניגש אל פוקס אחד מעסקני מכבי חיפה והציע לו לעבור אליה לאלתר ולקבל על עצמו את משרת האימון. פוקס ביקש שהות לשוחח עם רעייתו. עסקן אחר של מכבי חיפה, דוד אבני, נציג מרכז מכבי בהתאחדות לכדורגל, לחץ ופוקס עבר להתגורר בחיפה ובחודש אוקטובר 1954 התחיל פרק הכדורגל שלו כמאמן-שחקן במכבי חיפה.
פוקס שינה את מכבי חיפה, עבר לקיים ארבעה אימונים בשבוע, דאג להתנהלות מקצועית וקבלת עזרה כספית לשחקנים וליצירת מקומות עבודה נוחים עבורם, כמו בחברת החשמל ובנמל חיפה. הקשר של פוקס עם שחקני מכבי תל אביב נשמר בעיקר מול אברהם בנדורי, שניאור, צביקה סטודינסקי, יוסלה מירמוביץ' ושייע גלזר. האחרון אמר עליו: "אלי היה השחקן הגדול ביותר ששיחקתי איתו. המסירות שלו עשו אותי לצנטר-פור ולכובש השערים של מכבי תתל אביב. הוא עשה בשלושה פאסים מה שכל הקבוצה עשתה בעשרים".
כבר בעונה הבאה, 1954/55, מנע פוקס ממועדון נעוריו זכייה נוספת בתואר, שהגיע להפועל פתח תקווה. "למעשה ניצחונה של מכבי חיפה על מכבי תל אביב 1:2 הוא גם שהכריע את גורל האליפות", כתב בספר, "משום נטילת שתי הנקודות על ידי קבוצתי החדשה מקבוצת האם שלי. באותו יום בו ניצחה מכבי חיפה את מכבי תל אביב הייתי מלא סיפוק. לא על הניצחון עצמו. אלא על ההצלחה הראשונה שלי, שהקניתי להם בטקטיקה והתכסיסים המודרניים, וחשתי סיפוק של מורה שתלמידיו קלטו פרק קשה וניתן להמשיך הלאה".
בין הקבוצות שפוקס אימן היו מכבי חיפה, הפועל חיפה, הפועל תל אביב, מכבי נתניה, בני יהודה, הפועל באר שבע ובית"ר ירושלים. הוא אימן בדרום אפריקה את קבוצת פורט אליזבט, ובקפריסין את אולימפיאקוס ניקוסיה ואומוניה ניקוסיה ואת נבחרת חיל הים של האי . בשנת 1959 מונה למאמן נבחרת ישראל, אבל סמוך להמראה למשחק הידידות בוורוצלאב נגד נבחרת פולין הוחלט בהתאחדות לכדורגל למנות במקומו את היהודי-הונגרי המפורסם גיולה מאנדי, שפוקס סירב לשמש כעוזרו.
קבוצת נעוריו מכבי תל אביב לא הזמינה מעולם את אלי פוקס לשמש כמאמן שלה. ב-1992, בגיל 68, הלך לעולמו.