ההפסד המפתיע 3:1 לפורטו גרם הערב (חמישי) לזעזוע בבאיירן מינכן: רופא הקבוצה, האנס-ווילהלם מולר-וולפארט הודיע על סיום תפקידו במועדון בעקבות חילוקי דעות עם המאמן פפ גווארדיולה, ומיד לאחר מכן שאר הצוות הרפואי הודיע גם הוא על התפטרותו. ההודעה הזו תפסה את הבווארים המומים לנוכח ההתפתחויות הללו.
מוליכת הבונדסליגה סבלה מרצף של פציעות במהלך השבועות האחרונים, וחסרה את אריאן רובן, פרנק ריברי, דויד אלאבה, חאבי מרטינס ומהדי בנאטיה מול הפורטוגלים. הולגר באדשטובר ובסטיאן שווינשטייגר סובלים גם הם מפציעות ממושכות מזה מספר חודשים. השיא הגיע בשבת האחרונה כאשר למשחק הליגה נגד פרנקפורט באיירן מינכן התייצבה עם שלושה שחקנים בלבד על הספסל.
הרופא הוותיק בן ה-72 הודיע כעת על התפטרותו אחרי שחש אשמה בחלקו בהפסד בפורטוגל. "אחרי משחק ליגת האלופות בין באיירן מינכן לפורטו, הצוות הרפואי הואשמה מסיבות לא ברורות בהפסד", אמר הרופא. "האמון בינינו נפגע". דובר הקבוצה סיפר כי "באיירן לא היית המעורבת בצעד הזה".
מוקדם יותר העונה גווארדיולה הודה שהוא עצבני בעקבות מצבם הרפואי של חלק מהשחקנים, ובמיוחד הדברים נגעו לג'רום בואטנג, ואמר בספטמבר: "אני תמיד חייב להחליף את בואטנג עוד לפני שהמשחק מסתיים, אבל אי אפשר להחליף מגן בכל משחק. בדרך כלל שחקני הגנה צריכים לשחק מההתחלה ועד הסוף. אנחנו צריכים לדבר פעם נוספת עם הרופאים על כך".